Zenegy er gearet til at håndtere forskellige overenskomster hos medarbejderne. Zenegy kan håndtere varierende timesatser, tillæg og fradrag, fritvalgsordning, SH samt indrapportering til forskellige feriepengemodtagere. Zenegy kan bl.a. håndtere automatisk indbetaling af feriepenge til Horesta, Danske Anlægsgartnere, FerieKonto, 3F feriekasse mfl. og kan ligeledes håndtere overenskomster der forhandles mellem arbejdsgiverforeninger og fagforeninger.